Los estudios se realizaron en Ushuaia. A partir de 57 muestras de pacientes con infección por Covid-19 se secuenciaron 57 genomas de SARS-CoV2. Santiago Ceballos, Dr. en Biología y parte del equipo investigador, conversó con El Sureño acerca de cómo sigue este trabajo y qué permite determinar.
RIO GRANDE.- Cuando se habla de origen y circulación del virus Covid-19 se suele hacer referencia a la investigación del ámbito social de cada paciente infectado. Otra forma de determinar esto es mediante el estudio genético de las muestras. En Tierra del Fuego, el Nodo de secuenciación de Ushuaia, conformado por CADIC-CONICET, el Hospital Regional Ushuaia y la UNTDF aisló 57 nuevos genomas de SARS-CoV2, que provoca infección por Covid-19.
A la vez, este equipo forma parte del “Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV2 Proyecto PAIS, creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, que es coordinado desde el Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez.
El objetivo es llegar a secuenciar mil muestras del genoma del coronavirus que circula en las distintas regiones de Argentina; aportar al conocimiento local y a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).
El Dr. Santiago Ceballos fue uno de los coordinadores del equipo de profesionales de CADIC y HRU. Ceballos es investigador de CADIC y docente investigador de UNTDF, donde actualmente es profesor de genética: “Yo no había trabajado antes con virus. Pero me especializo en la genómica de peces. Como el material genético de los virus o de cualquier organismo es muy similar, pude sumarme al equipo”, comentó.
Cada uno de los 57 genomas aislados corresponde a las muestras de pacientes fueguinos: “Aislamos el virus de 57 pacientes distintos. De esos genomas, algunos pueden ser completamente idénticos o distintos. Después se hace un análisis de esa variabilidad que encontramos en las muestras, y vemos cuántos linajes, cuántas diferencias hay”, detalló el biólogo.
Esta, sin embargo, es apenas la primera etapa de la investigación: “Es tanto lo que se puede analizar que no hay una fecha final para los trabajos, porque vos primero hacés un análisis y sacás conclusiones más gruesas, después es infinita la cantidad de estudios que se pueden hacer”, agregó.
Origen geográfico
Cuando se habla de origen geográfico, se hace referencia específica a la procedencia del virus específico que terminó afectando a la persona analizada, por ejemplo, en la provincia de Tierra del Fuego. Las 57 muestras analizadas forman parte de los positivos detectados en los meses de marzo, abril y mayo; cerca de la mitad son de Tierra del Fuego, y el resto de Neuquén: “La variabilidad que encontramos en Tierra del Fuego, lo que nos mostró, es que hubo al menos siete introducciones independientes. No es que vino una persona contagiada que contagió a todos los casos que hubo en Ushuaia. Sino que hubo al menos siete”, explicó el Dr. Ceballos.
Y agregó: “Con los resultados preliminares lo que podemos hacer es comparar las variantes genéticas que hay en Tierra del Fuego con las que hay en otras partes del mundo, para conocer el origen geográfico. Por ejemplo, si vienen de Europa, de Estados Unidos, de China”.
Secuenciando las muestras, también se puede determinar si corresponden a un único evento o no: “Cuando epidemiología habla de clúster, que son los distintos grupos de contagios. Es que son personas que están relacionadas, porque son familiares o trabajan en el mismo lugar. Se puede también suponer que se contagiaron a partir de una única introducción. Esa información epidemiológica se contrasta con la información genética y se ve si realmente fue así o, en realidad, hubo una circulación más comunitaria”, detalló el investigador.
Conocer cómo cambia el virus también sirve para determinar si las mutaciones que va sufriendo pueden o no afectar la eficiencia de los test de diagnóstico, de las vacunas que eventualmente se apliquen. Además, se pueden hacer estudios para determinar si las mutaciones afectan la virulencia, la gravedad de los síntomas, o la capacidad del virus de transmitirse a las personas.
“Esto que nosotros hicimos forma parte del Proyecto País que está siendo realizado en muchos institutos y laboratorios de Argentina. Como es un estudio federal, una de las primeras secuenciaciones que hicimos fue acá en Ushuaia, pero vamos a seguir. La idea del proyecto es alcanzar alrededor de mil secuencias en el país y hacer por lo menos una secuenciación más en Patagonia, pero no sabemos exactamente cuándo o con qué muestras. Es algo que vamos a trabajar en coordinación con epidemiología, porque tampoco pueden analizarse todas las muestras. Hay que hacer una selección para tener un muestreo representativo”, detalló Ceballos.
Al proceso de secuenciación de las mil muestras de diferentes lugares del país le seguirán los estudios evolutivos, para determinar cuánto cambió el genoma. Esos datos se contrastan con la información epidemiológica para determinar la procedencia de los virus que fueron detectados en la Patagonia.
El equipo de investigación estuvo conformado por (CADIC-CONICET), el Hospital Regional de Ushuaia y UNTDF. Los doctores Santiago Ceballos, Iván Gramundi, Cristina Nardi y Fernando Gallego coordinaron, con la colaboración del Dr. Daniel Fernández en el análisis de datos. Parte de los análisis informáticos se realizaron en el server de altas prestaciones que tiene la UNTDF, que además funcionará como repositorio de todas las secuencias que se generen en el marco de este proyecto nacional.
En total son menos de 70 mil las muestras secuenciadas y publicadas en GISAID, a las que desde Proyecto País sumará también las secuencias genómicas obtenidas: “Nosotros tenemos acceso a esas secuencias y así, por ejemplo, pudimos cotejar una de las muestras de un paciente que había estado en España, y es muy similar a las que se encontraron allá”, concluyó el biólogo.