Se conocieron 57 nuevos genomas de SARS-CoV2 mediante estudios que se realizaron en Ushuaia.
USHUAIA.- En un estudio realizado por laboratorios y centros del sur de Argentina, científicos y científicas obtuvieron 57 nuevos genomas de SARS-CoV2, el virus que provoca la enfermedad COVID-19, en base a muestras de pacientes positivos que se registraron en la Patagonia.
El reporte muestra el trabajo realizado en ésta ciudad en el marco del nodo de secuenciación más austral del “Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV2 (Proyecto PAIS)” creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, con el objetivo de secuenciar el genoma del coronavirus que circula en distintas regiones de nuestro país y realizar además estudios del SARS-CoV2.
El equipo de investigación conformado por el Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC-CONICET), el Hospital Regional de Ushuaia y la Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTDF) es coordinado por los doctores Santiago Ceballos, Iván Gramundi, Cristina Nardi y Fernando Gallego, con la colaboración del Dr. Daniel Fernández en el análisis de datos.
Parte de los análisis informáticos se realizaron en el server de altas prestaciones que tiene la UNTDF, que además funcionará como repositorio de todas las secuencias que se generen en el marco de este proyecto nacional.
En esta etapa de labor cooperativa se buscó cumplir con el primer objetivo propuesto en el proyecto PAIS, que es identificar los linajes virales presentes en nuestro país que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas e identificar el establecimiento de clusters de transmisión locales. Para ello el periodo de análisis en esta etapa corresponde a los primeros meses del brote en Argentina, marzo y abril, más tres casos de mayo de relevancia epidemiológica de Tierra del Fuego.
Cabe destacar que el Proyecto PAIS es coordinado por la Dra. Mariana Viegas (Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez), y se conformó con grupos de investigación de diferentes instituciones. Diversos grupos de investigación provenientes de distintas instituciones trabajan articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV2 en nuestro país y aportar al conocimiento local y a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.
Los laboratorios y centros de salud que aportaron muestras y los datos clínico-epidemiológicos de los pacientes, así como aportaron a la discusión de los resultados presentados son: Laboratorio de Salud Pública de Tierra del Fuego y Laboratorio de Hospital Regional (Ushuaia, provincia de Tierra del Fuego): Iván Gramundi, Manuel M Boutureira, Gabriel A. Castro, Carina De Roccis; Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén): Luis Pianciola, Melina Mazzeo, Beatriz Carolina Pinto, María Cecilia Ziehm y Laboratorio MICROBIOM (General Roca, provincia de Río Negro): Silvana Cecchi.
Descripción del muestreo
-Para el caso de Tierra del Fuego:
Se seleccionaron entre 1 y 3 casos confirmados por cada clúster epidemiológico de acuerdo al tamaño de los mismos y 7 casos sin nexo epidemiológico con el fin de representar la totalidad de los casos. Cuando fue posible, se seleccionó el caso índice de cada clúster según indicado por el análisis epidemiológico.
De los 12 clúster epidemiológicos identificados con 122 casos en total se seleccionaron un total de 24 muestras, mientras que de los 12 casos sin nexo se seleccionaron un total de 7 para secuenciar.
-Para el caso de las provincias de Neuquén y Río Negro:
Se seleccionaron 26 muestras pertenecientes a personas con resultados de hisopados nasofaríngeos confirmados para la COVID-19, por Laboratorio Central de la provincia del Neuquén, con residencia en la provincia de Neuquén y Río Negro. Corresponden a personas cuyo diagnóstico confirmatorio se realizó en el periodo comprendido entre 13/03/2020 y 28/04/2020. Los criterios de selección fueron: el antecedente de viaje a zonas de transmisión viral (exterior y otras provincias de Argentina), el antecedente de contacto con un caso confirmado previamente, o la mala evolución clínica con o sin fallecimiento del paciente.
Resultados obtenidos
Se obtuvieron un total 57 secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de muestras clínicas de pacientes con la COVID-19 distribuidos en tres provincias de la Patagonia Argentina: 22 secuencias de Neuquén, 4 secuencias de Río Negro y 31 secuencias de Tierra del Fuego.
En este estudio en provincias Patagónicas “se analizaron el 20% de los casos de la provincia de Tierra del Fuego (período comprendido entre el 04 de marzo y el 25 de mayo) y el 23% de los casos de la provincia de Neuquén (período comprendido entre el 10 de marzo y el 28 de abril). Durante este período se observaron múltiples introducciones en cada provincia y la posible formación de clústers de transmisión local en las distintas regiones. Sin embargo, si bien en algunos casos se observaron los mismos linajes entre las provincias o regiones patagónicas analizadas, éstos tendrían orígenes independientes y una evolución particular en cada región geográfica”.